从公元16世纪到公元17世纪初叶，正当藏传佛教格鲁派以极快的速度向蒙古各部传播和发展，并在蒙古社会中取得优势地位的同时，格鲁派集团在西藏的处境却陷入了严重的困难。

　　在帕竹政权衰落后，格鲁派在西藏的支持者主要是前藏领主拉萨河流域的第巴吉雪巴(sdesrid skyidshodPa)和山南地区的第巴拉嘉里(lhargyari)等，但他们仅仅是一种地方贵族力量，其势力已无法对格鲁派集团构成强有力的支撑。而当时，藏巴汗彭措南杰(phuntshogsrnamrgyal，公元1586～1621年？)在占据后藏绝大部分地区以后，势力迅速膨胀，并开始向前藏扩张。公元1605年，藏巴汗联合止贡噶举派打垮了第巴吉雪巴，控制了拉萨地区。从公元1610年到公元1613年，藏巴汗接连攻破山南领主雅觉巴和澎波的乃乌宗。公元1618年又正式消灭了仅在名义上延续的帕竹地方政权。自此，藏巴汗的势力基本上控制了前后藏绝大部分地区，形成了统治全藏的另一个新的西藏地方政权，历史上又称“藏巴汗”或“第悉藏巴”政权。东嘎·洛桑赤列：《论西藏政教合一制度》，陈庆英译，民族出版社1985年版，第61～62页。

　　藏巴汗政权取得对前藏的控制，不但使长期以前藏为主要根据地的格鲁派集团处境更加困难，而且也导致了当时西藏以格鲁派及其支持者为一方，以藏巴汗及其所支持的噶玛噶举派为另一方的两大敌对势力集团矛盾的进一步激化。这一点可以由下述三个事件加以证明：

　　一、公元1612年，当藏巴汗打败雅觉巴率军队进入拉萨时，格鲁派显然已预感到自己的厄运，当时四世达赖喇嘛一行曾暂时逃往山南桑耶寺(bsamyes)躲避。

　　二、在藏巴汗控制拉萨的四年后，即公元1616年，四世达赖突然于哲蚌寺圆寂，年仅28岁。一种说法认为四世达赖是被藏巴汗派人害死的。传说当时藏巴汗彭措南杰得了重病，他得知自己得病是四世达赖对他进行诅咒所致，遂派人将四世达赖害死。虽然这只是一种传说，但它说明当时在藏巴汗控制下的拉萨，藏巴汗显然已有能力和有条件害死四世达赖，所以这种可能性实际上是存在的。此外，这一传说本身也说明四世达赖的死已同格鲁派与藏巴汗的斗争相联系，并成为加剧双方矛盾的一个导火绳。

　　三、四世达赖圆寂后，藏巴汗对格鲁派采取了一个更严厉的限制措施，即下令禁止寻找四世达赖的转世“灵童”。这个限制措施，对于格鲁派几乎可以说是致命的打击。因为自三世达赖索南嘉措以来，随着格鲁派的迅速发展和向蒙古各地的广泛传播，作为格鲁派领袖的达赖喇嘛已逐渐成为西藏及广大蒙古地区的......