如果说代理北大校长还不足以让傅斯年大显身手的话，那么在他担任台湾大学校长之后，历史为他提供了一个难得的机会。

　　1948年下半年，由于政治军事局势的恶化，南京国民政府准备迁往台湾，于是台湾大学就成了未来的最高学府和学术中心。在这种情况下，朱家骅认为只有傅斯年能够当担重任，所以他再次前来劝驾。当时傅斯年刚从美国看病回来，身体尚未康复，医生也嘱咐他一定要注意休息，千万不要担任行政事务。一开始，傅斯年曾严词拒绝，但最终还是出于公心慨然应允。这一年11月，南京国民政府正式任命傅斯年为台湾大学第四任校长。1949年1月，傅斯年在北方战事接近尾声、蒋介石也已经下野的时候走马上任，也算是“受任于败军之际，奉命于危难之间”吧。

　　台湾大学的前身是台北帝国大学。该校创建于1928年，是日本殖民统治的产物。抗日战争胜利后，台湾回归我国，才改名为国立台湾大学。该校第一任校长是罗宗洛。

　　但是在以后三年中，该校连续换了三任校长，都没有建立良好的教学秩序。

　　傅斯年上任后，根据眼前的现实和心中的理想，在第一次校务会议上就旗帜鲜明地倡导通才教育。他说：“我们要在一年半之内，集中精力，改进本校各种通习科目，建设本校的教育制度，务使来校的学生，一进大门来，便得到第一流的教授教他们普通课。教课之需要实习者，得到充分的实习机会……以上所说的一般通习科目，包括在文......